真核细胞染色体有多个的复制起始点 真核染色体通常很长并有许多复制起始点 (replication origins)，沿着每一条染色体分散。在细菌中，复制是双向的。一对复制叉开始于每个复制初始点，并且两个复制叉接着移动相反方向。这些凸块 (bulges) 在DNA进行分裂过程，通常被称为复制泡 (replication bubble)。 为了避免已经复制的DNA片段加倍的情况，每一个起始复制点，只能在每一个复制的循环中复制一次。这样的情况藉由一个蛋白质复合物称为复制许可因子 (replication licensing factor, RLF) 来达成，使得在下一个复制开始前RLF结合到每一个复制起始点DNA上，并在复制时被取代。只有当RLF蛋白存在时，DNA复制才可以进行。 真核细胞DNA复制 在真核细胞，有半保留复制 (semi-conservative replication) 的发生。 在动物细胞中，有两个DNA聚合酶 (α和δ) 参与染色体的复制。DNA聚合酶α(polymerase α) 是负责初始复制新的DNA股。它会伴随着两个小的蛋白质用来生成RNA引子。在RNA引子生成后，DNA聚合酶δ (polymerase δ) 会藉由三到四碱基长度的DNA (起始DNA；initiator DNA或iDNA) 从RNA引子上做延长 复制因子C (replication factor C, RFC)，会结合到iDNA上，并且搭载DNA聚合酶，加上本身的滑动钳子 (增生细胞核抗原蛋白质；PCNA protein) 附在DNA上。 在动物和细菌细胞中，连结冈崎片段有显着的不同。在动物细胞，没有和细菌相等的双功能DNA聚合酶 I。藉外切酶 (MF1) 移除RNA引子，并由DNA聚合酶δ行使功能在延迟股上填补间隔。而在细菌中间隔，是以DNA接合酶 (ligase) 填补。