子囊菌使用体视显微镜即可观察外观 大部分的子囊菌不需经过切片，仅藉由具子囊、子囊孢子之形态即可鉴定， 审慎的以体视解剖显微镜观察子囊果之外部形态也是不可或缺的，耐心的做好清晰可 辨分类特征的玻片，加上懂得如何收集文献，必能解决你所遇到病原子囊菌之鉴定问题 盘菌纲依子囊之形态区分为三大类，一、具囊盖(operculate)子囊：顶端具有盖 子之开口﹔二、不具囊盖(inoperculate)子囊：具孔状开口或不规则开裂﹔三、喙 状开裂(rostrate dehiscence)子囊：孢子释放时外层壁开裂，而内层壁之上端部分 挤压出来。第三类之菌都属于地衣(lichen)，其特性明确，故不在此另加叙述。 具囊盖子囊常伴随有其他特征，如子囊为长圆柱形(少数倒卵形)，顶端显着截平 (truncate)，子囊孢子圆或椭圆形，且上下左右对称，单细胞而通常表面具有纹饰﹔ 而不具囊盖子囊伴随的特征有：子囊孢子对称或不对称，大小相对的较前者小， 单至多细胞，表面平滑。仅Pezizales 目具囊盖子囊，且已知仅有Rhizina 属造成 植物病害﹔其馀的非地衣之盘菌皆属不具囊盖子囊之种类。除子囊形态外，其他 重要之分类特征包括有 (1)子囊盘之形状及其外壁之细胞组成。 (2)以碘液染子囊，在不同部位所呈现出之蓝色反应。 (3)隔丝顶端：有无分叉、有无淀粉反应是否黏着在胶质中或相互纠结形成组织。 (4)菌丝是否有胶质成分。 (5)子囊孢子之大小、颜色、形状、质地、有无内含之油滴或气泡、有无外套膜