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共聚焦显微镜,密度梯度常用于分析细胞信号转导过程共聚焦显微镜，密度梯度经常用于分析跨膜运输和细胞信号转导的过程。这些过程是与广泛的细胞活动相关的，例如分泌、生物合成、内吞作用和病毒处理。密度梯度不仅用于分级分离主要的亚细胞器，如光面内质网、粗面内质网和高尔基体，也用于分离亚区室、反式高尔基网络、内质网一高尔基中间体、早期和晚期内体、转运和分泌小泡以及膜小凹和脂筏等质膜结构。这一细胞生物学研究的丰富领域也包括蛋白从胞浆向膜的转运，这个过程可能发生在细胞分化过程中。常常用于梯度分析的上样液是来自于简单除细胞核的上清液，而不是如轻线粒体沉淀或是微粒体那样的已经部分纯化的成分。由于梯度法不经常用于纯化一种特殊类型的膜，而是用于分析蛋白质或其他分子从一个区室到另一个区室的易位过程，更重要的考虑是没有任何潜在涉及的区室在梯度分离前的处理中丢失。像这样简单处理的匀浆也可以减少实验所需的时间，并将操作次数减少到最小。 许多年来，蔗糖梯度是用来分析这些膜区室的主要方法，这章将会讨论很多使用蔗糖作为介质的成熟实验方案。然而碘化的密度梯度介质，特别是Nycodenz@和碘克沙醇也逐渐地被用来实现这一目的，这一章也会给出许多使用这些梯度介质的例子。与蔗糖相比，这些介质有许多优点：作为密度介质，它们容易购买到，也容易配制梯度溶液，而且与相似密度的蔗糖相比，它们的摩尔渗透压浓度更低(特别是碘克沙醇溶液)，使得这些溶液的分辨能力比蔗糖溶液的更高。
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