电子显微镜可用于细胞形态学酶标记等研究电镜根据性能的不同分为两种类型，即透射式电镜(transmission electron microscope，，IEM)和扫描式电镜(scanning electron microscope，SEM)。透射式电镜主要用于细胞内部结构的观察，所观察的材料必须固定、脱水后用环氧树脂等包埋，以超薄切片机切成50。100rim的超薄片，并用硝酸铅、醋酸铀等染色后才能观察。扫描电镜采用的是二次电子成像原理，即首先由电子枪发射的电子束形成电子探针在标本上扫描，然后标本被电子轰击产生的二次电子被收集、转换后放大，在荧光屏上成像。扫描电镜所观察的标本只需干燥、镀金(使标本导电)，不需切片，因此，其常用于细胞或组织材料的表面立体图像的观察分析。扫描电镜的分辨力不如透射式电镜，一般只有6—10rim，但景深长，观察的图形富有立体感。 近年来，电子显微技术无论是电镜本身还是样品制备都有很大的提高。从电镜本身讲，首先是电子束加速电压的提高，从普通的lOOkV提高到500kV甚至达到3000kV，这样穿透力更强，能观察较厚的标本且分辨力大大提高，加速电压超过500kV的电镜称为超高压电镜(ultravohage electron microscope)。其次是在电镜上增加辅助设施如连接电脑，这样使生物样品的分析更加快捷、方便、准确。在样品制备方面也不断更新，如负染色、冰冻切片、金属投影、冷冻蚀刻、暗场技术、放射自显影、酶标记等。从而使电镜技术不仅用于细胞形态学的研究，也用于生理、生化功能的研究。
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