显微化学的方法使用显微镜观测中药的内部组织构造、细胞形状和包含物质等特征，以便鉴定中药药材的真伪和纯度，以及判定重要药材的品质。
显微镜鉴定的应用也可确定药材中某些成分在整体组织中的分布，
对药材的鉴定、采购、功能和贮藏有着很大参考价值。
而且相对于只是通过性状不易识别的药材、性状相近的多来源药材或切碎、以及粉末状态的药材，甚至是用粉末制成的中药成方制剂，显微检测就能发挥着重要的作用。