在过去的十年见证多色荧光显微镜应用的急剧增加，部分原因，仪器和检测器的设计以及引入一个新的荧光团繁多，包括合成材料和量子点的显著进步。此外，活细胞成像已经越来越有用，覆盖了整个可见光谱区域的基因编码的荧光蛋白质的推出彻底改变了。在使用固定和活细胞和组织的多个荧光标记的主要优点是观察能力的空间关系和亚细胞成分的时空动态，并监督不同的标记实体之间的潜在分子间的相互作用。一些先进的显微镜技术已应用于使用多种颜色的荧光标记，包括荧光漂白后恢复（FRAP），荧光相关光谱（FCS），荧光（福斯特）共振能量转移（FRET），荧光原位杂交技术（FISH ）和荧光寿命成像（FLIM）。这些方法中有许多好处显著能够使用专门针对荧光蛋白在活细胞成像实验。