在传统的广角光学落射荧光显微镜，标本发出二次荧光经常发生通过激发卷和掩盖的特点在于客观焦平面分辨率。

较厚的标本（大于2微米），这通常表现出这样的荧光高度的最细的细节丢失的问题更为复杂。

共聚焦显微镜提供只有边际改善轴向（Z;沿光轴）和横向（x和y在试样的平面）光学分辨率，而且是能够排除在从焦平面从产生的图像区域的二次荧光。

即使分辨率有所提高共聚焦显微镜比传统的广角技术，它仍然是比透射电镜少。